Tweejarige brugperiode
Voor alle leerlingen, behalve de tvwo-leerlingen, duurt de brugperiode twee jaar. Hierdoor krijgen deze leerlingen de kans om zich goed te ontwikkelen, voordat de beslissing havo of vwo genomen wordt. Ook hebben de docenten zo voldoende tijd om de leerlingen te leren kennen en een goed advies uit te brengen. Naast cijfers wordt hierbij ook naar vaardigheden gekeken. Dit laatste gebeurt aan de hand van zogenaamde rubrics.

De nieuwe onderbouw
Met ingang van augustus 2006 is een aantal onderwijskundige vernieuwingen ingevoerd. De leerlingen krijgen de bestaande vakken apart of als leergebied aangeboden. Een leergebied vergroot de samenhang tussen vakken, waardoor leerlingen meer verbanden zien en bepaalde vaardigheden als veel nuttiger ervaren.
Op het Alfrink College werken tekenen en handvaardigheid samen in het leergebied beeldende vorming. De vakken techniek, natuurkunde, scheikunde, biologie en verzorging werken samen in het leergebied Mens en Natuur.